依照现行税法的规定，企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，最长不得超过五年。那么，是否只要是五年内的亏损，就可以全部在税前结转弥补了呢？答案是否定的。
1、企业筹办期亏损不得作为当期亏损
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》国税函〔2010〕79号第七条规定，企业自开始生产经营的年度，为开始计算企业损益的年度。企业从事生产经营之前进行筹办活动期间发生筹办费用支出，不得计算为当期的亏损，应按照《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》（国税函〔2009〕98号）第九条规定执行。
《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》（国税函〔2009〕98号）第九条规定，关于开（筹）办费的处理，新税法中开（筹）办费未明确列作长期待摊费用，企业可以在开始经营之日的当年一次性扣除，也可以按照新税法有关长期待摊费用的处理规定处理，但一经选定，不得改变。企业在新税法实施以前年度的未摊销完的开办费，也可根据上述规定处理。
例如，某企业2014年开始筹建，筹建期历时3年，开办费为1000万元，2016年开始生产经营取得收入，如果2014年、2015年的开办费都作为当年的亏损处理，意味着亏损弥补期少了3年。而按国税函[2009]98号规定，2016年作为开办费扣除，有效延长了亏损弥补期限。如果2016年仍没有足够所得弥补亏损，可选择作其他长期待摊费用，递延3年扣除。
2、合伙企业的亏损不允许合伙人扣除
《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号）第五条规定：合伙企业的合伙人是法人和其他组织的，合伙人在计算其缴纳企业所得税时，不得用合伙企业的亏损抵减其盈利。
例如，某合伙企业由法人甲及自然人乙、丙组成，出资比例分别为60%、30%、10%。合同约定年终盈亏也按此比例分成或担负。2014年、2015年该合伙企业亏损分别为300,000元、400,000元，2016年获利1000,000元。那么，该合伙企业，如何进行2016年度企业所得税汇算清缴？
该合伙企业2014年、2015年累计亏损700,000元，不得用该合伙企业2016年税前利润弥补。根据（财税[2008]159号）第二、三条规定，合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。因此，每个合伙人分得税前利润分别为甲600,000元、乙300,000元、丙100,000元。在不考虑其他收入因素的前提下，甲应缴企业所得税150,000元（600,000×25%）；乙应缴个人所得税为90,250元（300,000×35%-14750）；丙应缴个人所得税为20,250元（100,000×35%-14750）。
3、被投资企业亏损不得在投资方扣除
《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）第五条第二款规定，被投资企业发生的经营亏损，由被投资企业按规定结转弥补；投资企业不得调整减低其投资成本，也不得将其确认为投资损失。
例如，某公司投资另一企业，持有其40%股权，该公司采取权益法做账。2016年被投资企业亏损1500万元，该公司在会计上调减了600万元会计利润，这是不正确的。权益法确认的投资收益在税法上不做收入处理，对应的被投资企业的亏损也不允许在企业所得税前扣除。因此，该企业600万元应做纳税调增处理。
4、境内盈利不可抵减境外亏损
《企业所得税法》第十七条规定，企业在汇总计算缴纳企业所得税时，其境外营业机构的亏损不得抵减境内营业机构的盈利。
例如，某居民企业境外设有一个营业机构，2015年境外营业机构亏损100万元，企业境内盈利为150万元；2016年境内营业机构亏损50万元，境外应税所得为100万元。在不考虑其它纳税调整因素的情况下，企业2015年境内盈利为150万元，境外亏损100万元不得抵减境内盈利；2016年境内营业机构亏损50万元，境外应税所得100万元在弥补了境内亏损50万元后，纳税调整后所得为0，剩余的50万元境外所得再按规定计算企业所得税。
5、核定征收亏损不得弥补
《国家税务总局关于印发〈企业所得税核定征收办法〉（试行）的通知》（国税发〔2008〕30号）第六条规定，采用应税所得率方式核定征收企业所得税的，应纳所得税额计算公式如下：应纳所得税额＝应纳税所得额×适用税率。而在应税收入的确认上，《国家税务总局关于企业所得税核定征收若干问题的通知》（国税函〔2009〕377号）规定，应税收入额等于收入总额减去不征税收入和免税收入后的余额。用公式表示为：应税收入额＝收入总额-不征税收入-免税收入，其中，收入总额为企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入。由此可见，实行企业所得税核定征收的纳税人，其以前年度应弥补而未弥补的亏损不能在核定征收年度进行弥补。但在以后转换为查账征收年度时，在政策规定的期限内仍可继续弥补亏损。但结转年限应连续计算，最长不得超过五年。也就是说，核定征收年度也计算弥补亏损年度。核定征收期间的亏损也不得在以后年度结转弥补。
例如，某企业2013年为查账征收所得税企业，累计未弥补亏损170万元，其中：2011年、2012年、2013年未弥补的亏损额分别为20万元、30万元、120万元。2014年采取核定征收，前期亏损不允许在2014年度税前弥补。其2015年又转为查账征收，实现利润50万元。根据上述规定，2015年可弥补2011年、2012年度亏损50万元。假如2016年实现利润160万元，仍可弥补2013年度亏损120万元，剩余40万元再按规定计算缴纳企业所得税。
6、合并分立前亏损一般性重组不得结转弥补
《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号第四条第(四)项的规定，企业在一般性重组中，被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。
例如，2016年,甲企业合并了另一家企业,并以其名称对外营业，被合并企业依法注销。合并前,被合并企业经过所得税清算，留有80万元亏损。根据上述规定，这80万元亏损不得在甲企业应纳税所得额中弥补。
《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）第六条第(四）项规定，企业重组符合规定条件的，且企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，合并双方可以选择按以下规定进行特殊性税务处理：⑴合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。⑵被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。⑶可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。⑷被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。
《国家税务总局关于印发的公告》国家税务总局公告2010年第4号第二十六条规定，财税[2009]59号第六条第（四）项所规定的可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额，是指按《税法》规定的剩余结转年限内，每年可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额。
例如，2016年，乙公司合并丙公司，并以其名称对外经营，丙公司依法注销。丙公司被合并前的账面净资产为3000万元，尚未弥补的亏损1200万元，其中2013年、2014年、2015年的亏损额分别为200万元、400万元、600万元。经评估，丙公司净资产的公允价值为6000万元。假如合并后，乙公司当年实现的应纳税所得额为4000万元,当年年末国家发行的最长期限的国债利率为4.41%，企业符合并选择适用特殊性税务处理。则，乙公司2016年应纳税所得额4000万元中，可以弥补丙公司亏损的限额为264.60万元（6000× 4.41%）。对丙公司合并前尚未弥补的亏损935.40(1200-264.60)万元,乙公司可以在亏损弥补的剩余年限内继续弥补,但每年允许税前弥补额不能超过264.60万元。
